Ele foi mais tarde enviado para servir como espião de Orochimaru para Sasori da Akatsuki, que por sua vez, colocou-o para espionar Orochimaru usando sua Técnica da Areia Manipuladora da Mente para transformá-lo em seu próprio agente adormecido.
Uma das maiores traições da série aconteceu logo no arco do Exame Chunin, onde Kabuto acabou se revelando aliado de Orochimaru, surpreendendo todo mundo que acha que ele seria o próximo companheiro do Time 7.
Porque foi quando o Kabuto estava supostamente sob o controle do Sasori (não sabemos disso até Shippuden). Então, na época, ele não estava totalmente no controle de suas ações, e a Akatsuki odiava o Orochimaru o suficiente para sabotar seus planos.
Aparentemente, durante a luta de Sasuke e Itachi contra Kabuto, ele queria capturá-lo e usá-lo como seu "precioso cobaia", então, obviamente, ele queria experimentá-lo como Orochimaru fez com seus outros cobaias, como uma espécie de "vingança" por Sasuke ter derrotado Orochimaru e depois se livrar de seu corpo depois ...
De acordo com Tsunade, Orochimaru tinha uma personalidade distorcida mesmo quando criança. Sua atitude era sádica, presumivelmente devido à morte de seus pais.
Boruto confirma que Orochimaru é uma pessoa não-binária
Isso pois descobrimos mais sobre a história de Mitsuki e vimos o encontro dele com seu criador no momento em que o jovem acorda no laboratório do vilão. Mitsuki então faz uma pergunta crítica ao seu criador e o questiona se ele seria sua mãe ou seu pai.
Vimos que Kabuto foi derrotado por Itachi graças ao poderosíssimo Izanami, e após o efeito deste jutsu acabar, Kabuto mudou de certa forma e ajudou Sasuke ao curar suas feridas. Deste momento em diante, Kabuto desapareceu e não foi mais visto, nem em filmes ou no anime/mangá de Boruto.
Ao reaparecer pouco antes do início da Quarta Guerra Mundial Shinobi, é revelado que ele aprendeu a controlar totalmente o material genético de Orochimaru, levando-o a assumir muitas das características físicas de seu antigo mestre.
Nesse ponto, ao chegar ao campo de batalha, Kabuto foi o responsável por salvar a vida de Sasuke, que havia sido ferido mortalmente na luta contra Madara. Dessa forma, por conta dessa sua ajuda em um momento crucial e pela mudança dos seus objetivos, Kabuto acabou sendo perdoado por Konoha.
Itachi pressionou Sasuke para que liberasse sua marca da maldiçao, com isso Orochimaru tomou forma e foi selado pelo Susanoo de Itachi. Após isso todos o tomavam como Morto até o mangá 592 quando Sasuke após vencer Kabuto decide ir atrás de Orochimaru para Obter respostas. E declara que ele "é durão demais pra morrer".
Orochi não tinha intenção de deixar Sasuke ficar mais forte que Itachi, já que Itachi deu uma surra em Orochimaru alguns anos atrás. Sasuke também percebeu que ele JÁ era forte demais para Orochimaru assumir, então ele simplesmente o matou.
Ele se apaixona por Tsunade, uma jovem que usa a magia das lesmas. Entre os seguidores de Jiraiya está Yashagoro, que tentou aprender a magia das cobras e foi corrompido por ela, assumindo o nome de Orochimaru.
Nonō Yakushi (薬師ノノウ, Yakushi Nonō), conhecida como A Miko Errante (歩きの巫女, Aruki no Miko), foi uma kunoichi de nível jounin de Konohagakure, e uma capitã da Unidade Médica.
Kabuto, após injetar as células de Orochimaru em seu próprio corpo, conseguiu alcançar essa técnica. Como tal, ele poderia se transformar em cobra assim que usasse a técnica de recriação corporal, saindo da boca de seu corpo antigo como uma cobra branca.
Em pouco tempo, ele foi capaz de absorver parte do poder se deu mestre e dominar completamente o Modo Sábio da Cobra, algo que por si só já é impressionante. Hoje vamos te apresentar cinco motivos pelos quais é possível afirmar que Kabuto tornou-se mais forte que Orochimaru em Naruto Shippuden.
Quando Zetsu Negro tenta retornar para Madara, Obito impede Zetsu Negro, mantendo-se fundido com o jovem Uchiha, que decide falar com Madara. Obito empala Madara com a mão.
Durante os preparativos para a Quarta Guerra Mundial Shinobi em Naruto Shippuden, um dos momentos mais marcantes desse arco ocorre no primeiro encontro de Kabuto com Obito, onde o ex-aprendiz de Orochimaru mostra a verdadeira força do Edo Tensei, revelando que ele ressuscitou 5 membros da Akatsuki: Nagato, Kakuzu, ...
Como a lealdade de Kabuto é nova para Orochimaru, ele provoca Kabuto para que ele sequestre Sasuke para que Orochimaru possa se tornar extremamente poderoso e provavelmente imbatível ou para que ele impeça isso matando Sasuke.
Jiraya. Por fim, a morte mais chocante de todo a história de Naruto foi, sem dúvidas, a de Jiraya, importante sensei do protagonista durante grande parte da trama. A relação entre senseis e alunos pode ser conturbada na mesma proporção que amável no universo de Naruto e este momento prova isso.